Il più antico documento che la riguarda risale al 1125. Era tributario della Badiola il popolo del castello di S. Mariano prossimo alla chiesa.
Il castello di S. Mariano fu distrutto per ordine della Repubblica Fiorentina in coincidenza con la fondazione di San Giovanni. Dopo la distruzione del castello, per qualche tempo, la Badiola portò il doppio titolo di S. Maria in Mamma e S. Mariano.